Vyžuonų vardas atsirado nuo  per miestelį tekančios Vyžuonos upės.  Tiesa, Lietuvoje vietovardžių, kurių šaknis prasideda –vyž, yra daug.  Dauguma kalbininkų  mano, kad jie gali būti kilę iš žodžio „vyža", iš karnų pintas senovinis apavas. Kitaip  sakant, Vyžuonos – tai vieta, kur  buvo plėšiamos  karnos vyžoms pinti. Tačiau neaišku, ar ir upėvardis Vyžuona yra tos  pačios kilmės. Pasak kalbininkų, hidronimai su –vyž  galėjo turėti bendresnę vingiuotumo, išsišakojimo, išsisukiojimo ar panašią reikšmę. Jei taip  buvo iš  tikrųjų, tai ir vingiuota upė (Vyžuona) ir   žaltys (vyžas), kuris  juda vingiuodamas, gali  būtinos pačios  kilmės žodžiai su  šaknimi –vyž.  Šiaip ar taip, žaltys buvo vienas iš labiausiai lietuvių pagonybėje gerbtų gyvūnų, laikytas gerąja namų dvasia ir šeimos globėju. Dėl gebėjimo išsinerti iš senosios odos (naujai atgimti), žaltys yra  amžinybės, nemirtingumo ir  atgimimo  simbolis. Lietuvoje  jo garbinimo reliktų  galima rasti XVI – XVII a., o kai kuriose vietose, ir vėliau.
Svarstant naujojo herbo motyvus, pritarta vietos  gyventojų prašymui Vyžuonų herbe pavaizduoti žaltį, vyžuoniškių vadinamą vyžu. Jis čia iš seno yra tapęs vietovės simboliu, net medinė žalčio-vyžo  rodyklė pastatyta prie kelio į Vyžuonas.
Heraldikoje žaltys paprastai vaizduojamas žalias. Pasirinkta sidabrinė skydo lauko spalva reiškia vandenį. Šiuo atveju ji parodo per miestelį tekančią Vyžuonos  upę. Vyžuonų herbo etaloną sukūrė dailininkas Arvydas Každailis. Jį Lietuvos heraldikos komisija aprobavo 2005 m. gruodžio 8 d. (Komisijos posėdžio protokolas Nr. 331).